Trụ sở cảnh sát Nhật Bản bị đột kích bởi một gián điệp, những tài liệu mật của những cơ quan tình báo hàng đầu như MI6, CIA, FIB có nguy cơ bị đánh cắp. Tuy nhiên những nhân viên an ninh phụ trách An Ninh Quốc Gia do Amuro chỉ huy đã ngăn cản kịp thời. Ngày hôm sau, Conan cùng các thám tử nhí đến tham quan thủy cung ở Tokyo, tại đây Conan gặp một người phụ nữ xinh đẹp nhưng bị thương và đang ở một mình, cô gái kỳ lạ có đôi mắt mang hai màu khác biệt đang trong tình trạng mất trí nhớ. Cô gái có hành tung bí ẩn đang giữ những bí mật động trời mà băng nhóm áo đen đang ráo riết truy lùng…